Life
Для взрослой прозрачной рыбы Danionella собрали атлас клеток всего тела
Опубликовано на USB.RU:
Работа об атласе вышла в Science, а данные представлены в ресурсе DigiFish. Карта связывает типы клеток и активность генов с их расположением в теле животного.
Whitehead Institute сообщил о журнальной публикации атласа клеток всего тела взрослой Danionella cerebrum. В работе профилировали более 600 000 клеток. Исследование вышло в Science после ранее доступной предварительной версии.
Danionella — маленькая прозрачная рыба размером примерно с сантиметр. Её размеры позволяют изучать клеточное разнообразие всего взрослого позвоночного, а прозрачность помогает наблюдать живые ткани. Это модельный организм для экспериментов, в том числе по регенерации нервной системы.
Учёные совместили одноклеточное секвенирование РНК с пространственными методами. Первое показывает, какие гены активны в отдельных клетках, а вторые помогают вернуть эти клетки на карту тканей. В атлас включили мозг, спинной мозг, глаза, внутренние органы, плавники и другие части тела.
В отдельной части работы атлас использовали как ориентир для изучения восстановления переднего отдела мозга после повреждения. Исследователи отслеживали переход от раннего ответа на повреждение к активности нервных стволовых клеток и появлению новых нейронов. Это наблюдение в организме рыбы; клиническую эффективность восстановления мозга у человека работа не проверяла.
Данные представлены в DigiFish — ресурсе авторов для изучения клеточных типов, пространственных карт и регенерации. По описанию Whitehead, атлас помогает выбрать конкретные клетки и гены для последующих экспериментов и затем следить за их поведением в животном.
Как читать такие карты, объясняется в материале что показывает single-cell секвенирование. При переносе выводов на медицину важно учитывать, какие вопросы решает животная модель: карта клеток одного вида служит исследовательским ориентиром и требует дальнейшей экспериментальной проверки.